Игра открывается сценой, где перед нашим взором предстает мир с неясными, расплывчатыми, почти стертыми очертаниями. Лишь иногда из тумана проступают грязные ржавые куски труб, кабели, лопасти вентиляторов и покореженные обломки каких-то механизмов. Груды мусора простираются до горизонта. Под нависшим серым небом, возле мутной лужи с машинным маслом сидит маленький робот Йозеф и прикручивает себе руку. Его только что вышвырнули на свалку. Но он не желает доживать свой век среди разбитых машин, а потому восстанавливает себя буквально по частям, чтобы вернуться в родной город Машинариум.

Прикрутив все нужные запчасти, Йозеф одевает на голову покрашенный в синий цвет дорожный знак с лампочкой, чтобы походить на полицейского. Ловко обманывает недотепу-охранника на въезде в город и возвращается в родные пенаты. Машинариум представляет собой серый индустриальный мегаполис, рассеченный длинными улицами и глыбами домов на районы. Огромный лабиринт из железа и бетона, где существование, кажется, теряет все точки отсчета.

Жизнь здесь не останавливается ни на секунду: вот по тротуару гуляет дама с механической собачкой, на площади возле башни с часами отдыхает старушка, неподалеку возле лестницы расположились уличные музыканты, исполняющие джаз, а в баре играют в карты бандиты. Путешествие по городу обернется для вас немалым числом курьезных ситуаций и приключений. Побег из тюремной камеры, освобождение из заточения своей возлюбленной, обезвреживание бомбы и разборки с головорезами - словом, каждая минута для Йозефа наполнена событиями...Но чтобы по-настоящему понять это - нужно, конечно же, поиграть.